Sampai dengan tahun 2006 SD Muhammadiyah 41 telah memperoleh berbagai
prestasi baik berupa piala, piagam maupun plakat yang jumlahnya lebih
dari 160 macam, yang diperoleh dari berbagai bidang, diantaranya: Juara I
Cerdas Cermat antar SD Muhammadiyah Se-Jakarta Pusat dan Timur,
terakhir siswa SD Muhammadiyah 41 berhasil meraih medali perak Olimpiade
Sains Nasional (OSN) yang diselenggarakan di Semarang Jawa Tengah, atas
nama Yogi Muliandi.
